La Fédération a été fondée le 26 septembre 1970 par un groupe informel de membres du corps professoral de l’Université de Moncton, la Mount Allison University, la University of New Brunswick, le Centre universitaire St. Louis-Maillet (devenue l’UMCE) et la St. Thomas University. Ces membres tenaient des rencontres de façon intermittente pour discuter de questions d’intérêt commun. En mars 1981, les lettres patentes pour l’incorporation de la « Fédération des associations de professeurs d’université du Nouveau-Brunswick Inc. – Federation of New Brunswick Faculty Associations Inc. » en tant que corporation provinciale furent émises. On a ouvert aussitôt un bureau et embauché un agent professionnel. C’est en 1984 que l’APPUMCS (l’APCUS à l’époque), c’est-à-dire l’Association des professeures et professeurs de l’Université de Moncton, campus de Shippagan, s’est jointe à la Fédération. Ces jours-ci, la Fédération représente les universitaires permanents et contractuels des quatre (4) universités publiques du Nouveau-Brunswick.